由于劳动合同与聘用合同二者所适用的法律及政策法规依据不同，聘用合同的规定集中体现在《北京市事业单位聘用合同制试行办法》【以下简称《办法》】及其相关规章中，而劳动合同的规定集中体现在《劳动合同法》中。因此具体比较起来二者的不同点主要体现在：一、二者的适用对象不同：对于劳动合同，其适用对象主要体现在《劳动合同法》第2条中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
对于聘用合同，其适用对象主要体现在《办法》第2条事业单位聘用合同制是指事业单位与受聘人员依据国家有关法律、法规、规章和政策，在平等自愿、协商一致的基础上，通过签订聘用合同，确定聘用关系，明确双方权利和义务的人事管理制度。
二、二者的用工招聘方式不同：劳动合同的签订没有严格的程序性要求。根据《劳动合同法》 第7条 用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。用人单位应当建立职工名册备查。第8条 用人单位招用劳动者时，应当如实告知劳动者工作内容、工作条件、工作地点、职业危害、安全生产状况、劳动报酬，以及劳动者要求了解的其他情况；用人单位有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，劳动者应当如实说明。
而聘用合同关系的建立，有着严格的招聘程序要求。根据《办法》第7条事业单位要结合本单位的任务，按照科学合理、精简效能的原则设置岗位，并依据国家有关规定和单位的实际情况确定岗位工资待遇。机构编制部门核定人员编制的事业单位设置岗位、聘用人员，不得突破核定的编制数额。第8条 人员聘用的基本程序是：（一）公布聘用岗位及其职责、应聘条件、工资待遇等事项；（二）应聘人员申请应聘；（三）聘用工作组织对应聘人员的资格、条件进行初审；（四）聘用工作组织对通过初审的应聘人员进行考试或者考核，择优确定拟聘人员；（五）聘用单位负责人员集体讨论确定受聘人员；（六）聘用单位法定代表人或者其委托的代理人与受聘人员签订聘用合同。
三、按合同期限特点分类不尽相同：根据《劳动合同法》 第十二条 劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。
根据《北京市事业单位聘用合同制试行办法》第十五条聘用合同分为短期、中长期和以完成一定工作为期限的合同。对流动性强、技术含量低的岗位一般签订3年以下的短期合同；岗位或者职业需要、期限相对较长的合同为中长期合同；以完成一定工作为期限的合同，根据工作任务确定合同期限。合同期限最长不得超过应聘人员达到国家规定的退休年龄的年限。
四、保障性合同签订条件不尽相同：聘用合同的保障性合同表现为签订至退休的合同；而劳动合同的保障性合同表现为（无固定期限的劳动合同的。二者签订条件不尽相同。
对于劳动合同的的签订者而言，若要签订无固定期限的劳动合同，根据《劳动合同法》第13条用人单位与劳动者协商一致，可以订立固定期限劳动合同； 第14条劳动者在该用人单位连续工作满十年的；用人单位初次实行劳动合同制度或者国有企业改制重新订立劳动合同时，劳动者在该用人单位连续工作满十年且距法定退休年龄不足十年的；连续订立二次固定期限劳动合同，且劳动者没有本法第三十九条和第四十条第一项、第二项规定的情形，续订劳动合同的。用人单位自用工之日起满一年不与劳动者订立书面劳动合同的，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。
对于聘用合同签订者而言，若要想签订期限至退休的聘用合同，根据《办法》第十六条受聘人员在本单位工作已满25年或者连续工龄已满10年且年龄距国家规定的退休年龄已不足10年的，如果本人提出订立聘用至退休的合同的，聘用单位应当与其订。
五、违约责任规定不尽相同：对于劳动合同而言，根据《劳动合同法》 第22条 劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。第23条 对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
而对于聘用合同而言，根据《办法》第43条违约金数额由双方当事人在聘用合同中自行约定，在聘用合同中未约定，但造成可计算经济损失的，由责任人按实际损失承担经济赔偿责任；第44条受聘人员经聘用单位出资培训后解除聘用合同，对培训费用的补偿应当在聘用合同中约定试用期间，受聘人员解除聘用合同，由单位出资培训的受聘人员应承担培训违约金；聘用单位解除合同，受聘人员不承担培训违约金。
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